Panayia Kilisesi; İstanbul Boğazı’nın Rumeli yakasında Karaköy Tophane arasında Mumhane Caddesi Ali Paşa Değirmeni sokak 2 nolu parseldedir. Kilisenin doğusunda Kara Ali Kaptan Sokak, batısında Akçe Sokak güneyde ise Mumhane Caddesi yer almaktadır. Karaköy Panayia Kilisesi 1453 yılında İstanbul’un fethinden sonra başlatılan göçler ile Kaffa’dan gelen Rumlar tarafından kurulmuştur. Kilisenin kuruluşu 1455 tarihidir. 1583 yılında Rus Çarı adına İstanbul’da kiliseler listesi yapan Karabeinikov tarafından yapılan listede ‘’ Koimesis Theotokou Galata’’ ismiyle yer almaktadır.
Kilisenin kitabesinden 1734 yılında yeniden inşa edildiği yazmaktadır. 1840 yılında ise tekrar temelden yenilenmiştir. 11.Ağustos.1840 tarihinde ise ibadete açılmıştır. Meryem’in ölümü olan Koimesis tes Theotokou’ya ithaf edilmiştir. Kilise etrafı yüksek duvarlarla çevrili bir avlunun kuzey doğusunda yer alır. Avlu duvarı yapıya kuzeydoğu ve kuzeybatı köşelerinde birleşir. Avlunun güneyinde Türk Ortodoks Başpisikoposluğunun yönetim yeri yer alır. Güneydoğu köşesinde bir yapının üzerinde bulunan çan kulesi sonradan eklenmiştir. Kare kesitli çan kulesi baldaken tipinde beyaz mermerdendir.
Kilise, doğu ve batı doğrultusunda dikdörtgen planlı; doğuda eksende yarım yuvarlak apsis çıkıntılıdır. Dıştan 25 metreye 18 metre olup yüksekliği 12 metredir. Panayia Kilisesi bazilikal formda inşa edilmiştir. Üç nefli naos, doğusunda orta nef ve kuzey nef hizasında içte yarım yuvarlak iki apsis ile sınırlanmıştır. Naosun batısında bulunan ve güneyinde eksen hizasında kadar uzanan revaklı tipteki narteks L biçiminde bir plan oluşturur. Kilisenin örtüsü bağdadi biçimindedir. Naosta orta nefein örtüsü basık tonoz, yan nefler ise düz tavanlıdır. Orta Nefin Tonozu sütunlar hizasında takviye kemerlerle dilimlenmiştir. Apsisi yarım bir kubbe örter. Panayia Kilisesi naosa açılan dört girişten ikisi batıda orta nef ve güney yan nef hizasında yer almaktadır.
