Hüseyin Ağa Camii; İstanbul Boğazı’nın Rumeli yakasında Beyoğlu İstiklal Caddesi üzerinde 1597 yılında Galata Sarayı Ağası Şeyhülharem Hüseyin Ağa tarafından inşa ettirmiştir. Halk arasında Ağa Camii olarak bilinir. Hadika’nın yazma nüshalarının birinde, adı Emin Bey Camii olarak da geçer.1597 yılında yapılan ilk camii kubbeli imiş, günümüzde ise düz çatılıdır. Camii’nin mihrabı, duvarları ve minaresi ilk yapıdan kalmıştır. İçeride dört kalın kare prizma ayak, baskılı çatıyı tutar.
Kıble duvarında ve yan duvarlarda, dörderden iki sıra pencere yer alır. Kemerli pencereler renkli camlarla tezyin edilmiştir. Duvarlar son onarımdan sonra belli bir yüksekliğe kadar Kütahya çinisiyle kaplıdır. Tavan ve tonozlar ise renkli kalem işleriyle bezenmiştir. Cami içindeki hatlar, son büyük hattatlarımızdan İsmail Hakkı Altunbezer’e aittir. Yapının minberi ve kürsüsü ahşaptandır. Mihrabın önünde, Hüseyin Ağa’nın ve yine Galatasaray ağalarından olan Davut Ağa’nın kabirleri yer alır.
Caminin avlusunda, Mimar Sinan’ın eseri olan bir şadırvan bulunur. Bu şadırvan Kasımpaşa Sinan Paşa Camii’nden buraya nakledilmiştir. Tek şerefeli minaresi caminin sağ tarafında yükselir. Daha önce avlu kapısı üzerinde duran tuğralı, sekiz satırlık kitabesinden, 1800’de, 1864’de ve daha sonraki yıllarda yapıda oluşan hasarların, bizzat Sultan II. Mahmut tarafından 1834 tarihinde tamir ettirildiği bilinmektedir. Uzun yıllar bakımsız kalan, Hüseyin Ağa Cami, 1938 yılında Vakıflar tarafından ihata duvarları ile yeniden onarılmıştır. Yapı son olarak Demirören Holding ve Vakıflar Genel Müdürlüğü arasında imzalanan protokol gereğince, 2011 yılında onarıma alınmıştır. Restorasyonun 13 ayda tamamlanması planlanmaktadır.